سیتوپلاسم
یوکاریوت‌ها تعداد زیادی اندام دارند که هر کدام از آنها وظیفه خاصی را بر عهده دارد. به جز هسته، هر چه که در فضای سلولی قرار دارد، سیتوپلاسم نامیده می‌شود. پس تمام اندامهای دیگر سلول مانند میتوکندری، شبکه اندروپلاسمی و … در این بخش قرار دارند. به بخشی از سیتوپلاسم که خارج از اندام هاست، “سیتوزول” می‌گویند.

سیتوزول بزرگترین بخش درون سلول است و حدود ۵۴% حجم سلول را در بر می‌گیرد. سیتوزول حاوی هزاران آنزیم است که برای کاتالیز کردن گلوکز، بیوسنتز، قندها، اسیدهای چرب و اسیدهای آمینه به کار می‌روند. در سیتوزول مولکولها شکسته می‌شوند تا اندامها بتوانند از آن استفاده کنند. برای مثال، قبل از شروع تنفس، گلوکز در سیتوزول شکسته می‌شود و سپس به میتوکندری می‌رود.

در سیتوزول یک ساختار اسکلتی به نام ” اسکلت سلولی” هم وجود دارد. این اسکلت به سلول شکل می‌دهد و بسیاری از واکنش های شیمیایی سیتوپلاسم را سازمان دهی می‌کند. علاوه بر این، اسکلت سلولی به حرکت سلول نیز کمک می‌کند.

اندامهایی که در سیتوپلاسم وجود دارند، عبارتند از :
میتوکندری
کلروپلاست
شبکه اندوپلاسمی
دستگاه گلژی
لیزوزوم
اسکلت سلولی
ریبوزوم
واکوئل

میتوکندری
میتوکندری چهار بخش اصلی دارد: غشای خارجی ، فضای بین غشایی ، غشای داخلی و ماتریس.

غشای خارجی
این غشا دارای تعداد زیادی پروتئین است که به انتقال آسان مولکلول های بزرگ کمک می‌کنند. علاوه بر این در این غشا، پروتئین هایی وجود دارد که چربی‌ها را به مواد قابل استفاده در ماتریس تبدیل می‌کند.

فضای بین غشایی
این فضا شامل آنزیم هایی است که با مصرف ATP، سایر نوکلئوتیدها را فسفره می‌کنند.

غشای داخلی
این قسمت دارای پیچ و خم های بسیار زیادی است که باعث افزایش سطح آن می‌شود. این کار کمک می‌کند تا کار بیشتری در فضای کوچکتر انجام شود. در این قسمت سه پروتئین اصلی وجود دارد: ۱٫ پروتئینی که واکنش های اکسیداسیون زنجیره تنفسی را انجام می‌دهد. ۲٫ یک کمپلکس آنزیمی به نام ATP” سنتتاز ” که ATP می‌سازد. ۳- پروتئین های انتقال دهنده که ورود و خروج مواد به ماتریس را کنترل می‌کنند.
اینجا همان جایی است که فسفریلاسیون اکسیداسیونی انجام می‌شود.

ماتریس
سیکل کربس در اینجا اتفاق می‌افتد. به علاوه، چندین کپی از ژنوم DNA، تعدادی ریبوزوم خاص میتوکندری، t RNAها و آنزیم هایی که برای انجام فعالیتهای متیوکندری ضروری است، در این بخش قرار دارند.

کلروپلاست
کلروپلاست، انجام فتوسنتز را بر عهده دارد. ساختمان کلروپلاست بسیار شبیه به میتوکندری است. کلروپلاست شامل یک غشای تراوای خارجی، یک غشای داخلی که تراوایی کمتری دارد، یک فضای بین غشایی و یک بخش داخلی است که “استروما” نام دارد. ولی کلروپلاست بزرگتر از میتوکندری است. کلروپلاست باید بزرگتر باشد، چون غشای آن مانند میتوکندری چین خورده نیست.

غشای داخلی آن هم برای زنجیر انتقال الکترون به کار نمی رود. سیستم جذب نور، زنجیر انتقال الکترون و ATP سنتاز بر یک غشای سوم که تیلاکوید نام دارد، انجام می‌شود. تیلاکوید از تعداد زیادی دیسک های سطح تشکیل شده است

شبکه اندوپلاسمی
شبکه اندوپلاسمی ( که آن را به اختصار ER می‌نامیم.) تولید پروتیئن‌ها و چربی های تعداد زیادی از اندامهای سلولی را بر عهده دارد. ER از چین خوردگی های فراوانی تشکیل شده که یک غشا آنها را در برگرفته است. علاوه بر این، ER وظیفه دارد تا پروتئینها و سایر کربوهیدارت‌ها را به دستگاه گلژی، غشای سلول، لیزوزوم و هر جای دیگری که لازم باشد، منتقل کند.

دو نوع ER وجود دارد: نوع زبر که سطح آن با ریبوزوم‌ها پوشیده شده و نوع صاف. نوع زبر محل پروتئین سازی است. پروتئین هایی که در ER زبر ساخته می‌شوند به ER صاف منتقل می‌شوند.

دستگاه گلژی
دستگاه گلژی دارای بخشهای کیسه ای شکل فراوانی است که با غشاهای لیپیدی احاطه شده اند. بعلاوه تعداد زیادی آبدانه هم دارد که مواد را به غشای سلولی منتقل می‌کنند تا از سلول خارج شوند. تعدادی غده نیز در این دستگاه وجود دارد که ترشح بعضی مواد خاص را بعهده دارند. گلژی مسوول کنترل ترافیک مولکولی در سلول است. تقریباً تمام مولکولها در دوره ای از زمانی که در سلول هستند مجبور می‌شوند از دستگاه گلژی بگذرند.

دسته بندی پروتئین‌ها به کمک آبدانه‌ها انجام می‌شود. وقتی پروتئین روی گیرنده خاص خود بر روی یک آبدانه می‌نشیند، به درون آبدانه کشیده می‌شود و همراه آن به بیرون فرستاده می‌شود.

لیزوزوم
لیزوزوم کیسه ای حاوی آنزیم های مختلف است. این آنزیم‌ها برای هضم مولکول های بزرگ به کار می‌روند. بیش از ۴۰ آنزیم در لیزوزوم وجود دارد که از میان آنها می‌توان به پروتئازها، نوکلئازها و فسفولیپازها اشاره کرد. بهترین عملکرد این آنزیم‌ها در محیط اسیدی (PH=5) صورت می‌گیرد.
پس اگر این آنزیمها به سیتوپلاسم نشست کنند، آسیب چندانی نمی رسانند. این آنزیم‌ها در شبکه اندوپلاسمی ساخته می‌شوند و پس از ورود به دستگاه گلژی ، توسط آبدانه‌ها به لیزوزوم منتقل می‌شوند.

اگر این آنزیم‌ها نباشند، به مرور مولکولهای بزرگی که امکان هضم آنها وجود ندارد، در سیتوزول جمع می‌شوند. این مولکولها در فعالیت و واکنش های موجود در سلول اختلال ایجاد می‌کنند و سلول با مشکل مواجه می‌شود.

اسکلت سلولی

یوکاریوت‌ها شکلهای متنوعی دارند. آنها می‌توانند اندامکها و شکل خود را تغییر دهند.حتی بعضی از آنها قادرند که از محلی به محل دیگر بروند. این کار توسط شبکه ای از رشته های پروتئینی موجود در سیتوپلاسم انجام می‌شود که اسکلت سلولی نام دارند.

رشته های پروتئینی به چند دسته تقسیم می‌شوند که رشته های اکتین و ریزلوله‌ها دو دسته مهم از آنها می‌باشند. اکتین انقباض را انجام می‌دهد (شبیه ماهیچه) و ریزلوله‌ها استحکام ساختمانی ایجاد می‌کنند.

ریبوزوم
ریبوزوم نقش مهمی در سنتز پروتئین ایفا می‌کند. وقتی یک زنجیر پروتئینی در حال ساخته شدن است، باید همواره در کنار mRNA و هم سو با آن قرار گیرد. در اینجا گفتیم که هر سه نوکلئوتید، کد یک اسید آمینه است.

پس هر اسید آمینه که به زنجیر پروتئینی اضافه می‌شود، باید سه پله روی mRNA جلو رفت تا تطبیق دو مولکول بهم نخورد. این کار توسط ترکیب بزرگ و پیچیده ای از RNA و پروتئین انجام می‌شود که ریبوزوم نام دارد.

ریبوزوم یک واحد کوچک دارد و یک بخش بزرگ در حدود نیمی از وزن ریبوزوم یوکاریوت‌ها را RNA تشکیل می‌دهد. ریبوزوم یک کانال برای هدایت زنجیر پروتئینی دارد و یک کانال دیگر هم دارد که مولکول mRNA را نگه می‌دارد. به این ترتیب ریبوزوم روند سنتز پروتئین را پیش می‌برد.

واکوئل
واکوئل در سلولهای گیاهی وجود دارد. واکوئل مسوول حفظ شکل و ساختمان سلول است. سلولهای گیاهی معمولاً اندازه واکوئل های خود را بیشتر می‌کنند و خیلی کم پیش می‌آید که سیتوپلاسمشان را توسعه دهند.
واکوئل آبدانه بزرگی است که برای ذخیره و نگهداری مواد مغذی، متابولیت‌ها و حتی مواد زائد به کار می‌رود.

فشار اعمال شده توسط واکوئل به حفظ اندازه سلول کمک می‌کند. اگر این فشار نباشد، سلول چروک می‌خورد و سست خواهد شد.
واکوئل معمولا حدود ۵۰% از حجم سلول را اشغال می‌کند، اما گاهی تا ۹۵% فضا را نیز به خود اختصاص می‌دهد.