بنابراین باید روش تحقیقی را با درایت انتخاب کرد. در این قسمت توصیه می شود محقق در مورد این که چرا در بعضی موارد محقق یا محققین قبلی به نتیجه گیری غلط رسیده اند بررسی هایی انجام دهد. آزمایش کشاورزی در مزرعه معمولا توسط عوامل بسیار متنوع و متغیر و غیر یکنواخت و عوامل خارجی غیرقابل کنترل موثر بر رشد مشخص میگردد. فصلی بودن کار مزرعه، آهنگ آهسته جمع آوری اطلاعات، نوسانهای زیاد شرایط آب و هوایی از سالی به سال دیگر، غیر یکنواختی خاک قطعه آزمایشی و بالاخره پیچیدگی بیش از حد گیاه در حصول نتایج قابل اعتماد و به دست آوردن همین نتایج در آزمایش های تکراری بعدی مشکلاتی را بوجود می آورد.

بنابراین آزمایش کشاورزی به طور قابل توجهی تحت تأثیر شرایط محیطی گوناگون و بی ثبات قرار میگیرد. بنابراین آزمایش کشاورزی با آزمایش های مهندسی شیمی، کارهای مهندسی و هرنوع آزمایش دیگر فرق می کند و از این نظر تشابهی ندارد. لذا انجام آزمایش کشاورزی بسیار پیچیده و حساسی بوده و طبیعت آن به لحاظ ظرافت و دقت کار، زمان بری و کیفیت موضوعات مربوط با تحقیقات در صنعت تفاوت فاحشی دارد که باید موارد .فوق در طرح مسئله به دقت مورد توجه قرار گیرد در پروپوزال باید ارتباط روشنی بین. روش هایی که در این بخش شرح داده می شود و اهداف کاربردی محقق که قبلاً تعریف کرده است وجود داشته باشد.

محقق باید این قسمت را به طور ساده و دقیق بنوسید و به وضوح در مورد اینکه چگونه روش هایی انتخاب شده می توانند اهداف پروژه را تأمین کنند توضیح دهد. همچنین محقق باید نشان دهد که روش های انتخاب شده چقدر با نیازها و مسائل ارائه شده در پروپوزال هماهنگ هستند. سازمان تأمین کننده اعتبار مالی به قسمت روش ها دقت زیادی دارد و علاقه مند است ببیند آیا محقق در مورد روش های ارائه شده در پروژه و اهمیت آن برای خوانندگان پروژه توضیح داده است. محقق باید مطمئن شود آیا مطالب این بخش می تواند به خوبی نظر سازمان تأمین کننده اعتبار را جلب نماید یا خیر؟

محقق باید در پروپوزال رابطه همکاران، پروژه خود را با گروه های همکار دیگر به خوبی توضیح دهد. یک روش خوب برای نشان دادن همکاری، نشان دادن آن در بخش روش هاست. توضیح در مورد اینکه چگونه روشهای ارائه شده در پروژه میتواند گروههایی را تشویق کند که به هم بپیوندند یا با مسائلی مرتبط با پروژه همکاری داشته باشند مفید است. در بخش روش ها باید به صورت واضح نشان داده شود که چگونه این روشی ها می توانند نتایج ارزشمندی را برای دیگران که در خارج پروژه هستند دربر داشته باشد. (این بخش می تواند در قسمت طرح توسعه ضمیمه آورده شود).