مقدمه
جوزف کارل روبرت لیک لیدر درسال ۱۹۱۵ به دنیاآمد و درسال ۱۹۹۰ درسن ۷۵ سالگی وفات یافت .او یکی از موثرترین مردان در تاریخ علوم رایانه بود .
لیک در سال ۱۹۵۷ درBBN بعنوان یک طراح مشهور بکار بود اما درسال ۱۹۶۲ جک رونا (jack ruina)مدیر پروژه ای درارتش بود ، لیک لیدر رابعنوان رهبر گروه تحقیقاتی arpa برگزید . او به لحاظ موقعیتی که بدست آورده بود توانست پیشرفت بسیاری در تصوراتی که داشت بدست آورد . و تاثیر بسیاری درآینده این پروژه بگذارد .
از آنجایی که اوتمایل به شهرت داشت ، برای حفظ این موقعیت درجامعه انفورماتیک دهه ۶۰ـ ۷۰ ایده ی خود رادر خصوص اشتراک زمانی وقابلیتهای شبکه ارائه کرد وارائه این ایده او رادرصف مقدم تحقیقات وفناوری روز رایانه قرار داد . لیک هیچگاه نتوانست ایده های خود را د ر arpa پیاده سازی کند و یکسال بعد arpa را ترک کرد . پس ازمدت کوتاهی ایده های او با ایجاد arpa net به تحقق پیوست .

لاری لا رابرتز که طراحی arpa net را بعهده داشت ایده های لیک را مهمترین نکات درباره آن میدانست .
به عقیده لیک میبایست شبکه مجتمعی بوجود آید که افراد بتوانند رایانه ها رادرهر کجا مورد استفاده قرار دهند و اطلاعات را در هر کجای دنیا بدست آورند.
اواز تعداد رایانه های مورد استفاده آگاهی نداشت ولی به ارتباط آنها که می بایست وجود داشته باشد اعتقاد داشت . بسیاری از رقبای او معتقد بودند که هیچ امکاناتی جهت توسعه وجود ندارد .که او بتواندایده های خود رابه واقعیت نزدیک کند.تصورلیک این بود که رایانه ها فقط برای محاسبه نیستند . و شاید روزی در منزل وبرای کار از آنهااستفاده شوداو سی سال یپش بینی کرده بو.د که مردم میتوانند روزی مستقیما و در یک آن باهم در تماس باشند و به همیندلیل از تمامی رقیبان وهمترازانش در آن زمان جلوتر بود .
لیک زمینه تحقیقات arpa را از بخش خصوصی به دانشگاه کشاند وتلاش خود را برای اینکه ۴ داشنگاه بتوانند در این زمینه فعالیت کنند آغاز کرد. و هم اکنون این ۴ دانشگاه ( برکلی ، MIT , CMU استانفورد ) در این زمینه سرآمد هستند .

با تمامی این خدمات لیک همچنان به تحقیقات ادامه میداد وایده های او ، او را برای مدت ها درسمت مدیر تحقیقات نگاه داشت و همواره درزمینه آموزش فیلد های جدید بوجودآمده سعی میکرد .
لیک در زندگی شخصی فردی شوخ طبع بود اما درزندگی اجتماعی بسیار ملایم ، جدی ،معاشرتی و بزرگوار بود . شاید کوچکترین دستاوردهای او کافی باشد که تمامی افراد و شرکتهایی که در زمینه ی کامپیوتر فعالند خود را مرهون خدمات او بدانند .

روش CLUSTERING(گروه بندی)در KTREME
TEEH_APPLEG5_BASED SYSTEMXVIGINIA
گاهی لازم است به محیط بیرون یک جعبه نیز فکر کنید.این کاری بود که در سال گذشته SRINIDHI VARADARAJAN استاد یار علم کامپیوتر در دانشگاه مهندسی Virginia tech انجام داد.

Varadarajanمدیر (tcf)tera scale computing facilityجدید Virginia tech است که قویترین ابر کامپیوتر خانگی دنیا می باشد.او سومین ابر کامپیوتر در لیست ۵۰۰topsuoercomputer site است.
در حالی که بسیاری از گروه های کامپیوتری علمی به سرورهای با پردازنده های اینتل تکیه می کنند ولی TCF پردازنده G5 شرکت ای بی ام و اپل را اساس کار خود قرار میدهد.TCF شامل گروهی از ۱۱۰۰کامپیوترG5اپل است که هر گره آن دارای پردازنده های دو گیگا هرتزی ۶۴بیتی دو طرفه POWERPC و چهار گیگا بایت حافظه و ۱۶۰گیگا بایت حافظه کمی هستند. قیمت کلی TCFحدود ۲،۵میلیون دلار تخمین زده شده است Virginia techمی گوید او سازنده این ابرکامپیوتر نه چندان گران در جهان است .

این مجموعه ،system xلقب گرفته است چون هدف طراحان آن ایجاد سیستمی است که دارای بیش از ۱۰flops teraباشد(۱۰تریلیون محاسبه عدد شناور در ثانیه ).
سیستم Virginia techتنها سیستم ثالثی بوده که در مقایسه با سیستم های دیگر دارای حداگثر کارآیی با بیش از ده tera flopsبوده است.
Virginia techاز این مجموعه برای پشتیبانی از تحقیقات علمی ار جمله فعل و انفعالات کامپیوتری ،آمارهای مولکولی و شبیه سازی مولکولی پرو تئینها استفاده خواهد کرد.
Cal ribbens عضو هیئت علمی کامپیوتر که روی این سیستم کار می کند می گوید ،ما برنامه های کاربردی علم کامپیوتر را در حد وسیعی اجرا خواهیم کرد و در زمینه برنامه های علوم طبیعی افرادی داریم که شبیه سازی مولکولی از جمله عملیات محاسبات و ساختار پروتئینها را همچون اجرای amberTЕ ،انجام می دهند.همچنین کسانی هستند که کار شبیه سازی cell_cycle(چرخه سلولی )را با استفاده از کدهای ode sowerنوشته شده در آن انجام می یدهند یا افرادی که برای برنامه های بیو انفورماتیک مثل blastرا اجرا می کنند.
او معتقد است که یک سوم چرخه کامپیوتر مربوط به علم طبیعی می شود و این مقدار نیز رو به افزایش است .

یکی از اجزای مهم system x نرم افزار خانگی این دانشکده به نام deja vuاست که می تواند در محیطهای کامپیوتری بزرگ یک fault tolerance را ایجاد نماید. ۵robbensمی گوید،اگر یک گره دچار اشکال شود شما می توانید پس از اطلاع از وضع کار و محاسبه خود ،برنامه را از نوع راه اندازی کنید.
بسیاری از ابزارهای انتقال پیام قادر به انجام اینکار هستند ولی به خاطر اهمیت این مجموعه ای که Virginia techآنرا deja vuنام نهادند و باید فاقد بار اضافی نیز باشد ،تضمین این سیستم در کنترل بر نامه های مدیریتی به بن بست نرسیده است.

Virginia techاکنون در حال تعویض دستگاههای G5مستقل و مستقر در مته های فلزی با G5های XSERVERمدار بند و ظرفیت مناسب دیگر است.
BacK Bang For
سال گذشته بیمارستان تحقیقاتی jude Children STیک سیستم کامپیوتر تحقیقاتی جدید را به مناقصه گذاشت .Clayton NAEVE مسئول تحقیق اطلاعات و مدیر بیو انفورماتیک و بیو تکنولوژی مرکز STjude Hartwellمی گوید، هدف ما کسب موفقیت ؛علی رغم محدودیت فضا بود.
ای بی ام موفقذ به بستن قرارداد برای یک سیستم blade center eServer شد که شامل ۲۸۰سرور در تنها دو rack مخصوص است.
Naeve می گویدST.Judeعلاقه چندانی به سرورهای bladeندارد و بیمارستان فقط سیستمی را می خواست که بتواند نیازهای آن را تامین کند و سیستم مبتنی بر blade نیز برای تامین خواسته بیمارستان در راستای ایجاد فضای بیشتر بوجود آمده است.

Naeve می گوید، این سیستم همچنین بزرگترین معیار bang for the buck را ایجادنمود.۵فروشنده این شسیستم در این مناقصه شرکت کردند ولی ای بی ام قیمتی را پیشنهاد کرد که ما نتوانستیم ا زآن چشم بپوشیم.این دستگاه دارای ۶۰۰گیگا FLOPs بود .(۶۰۰بیلیون عملیات شناور در ثانیه)که در بین۵۰۰ابر کامپیوتر برتر در رده ۲۵۱ قرار گرفت،قبلا،مرکزHartwell از یکALLphaServerهیولت پاکارد ۱۰پردازنده ای و یک SGI Onyx2شانزده پردازنده ای برای تحقیقات خود استفاده می کرد .St.judeاکنون از یک نیروی پردازش سیستم جدید برای سرعت بخشیدن به تحقیقخود در استراتژیهای پیشگیری از بیماری و گزینه های در مانی جدید یرای بیماریهایسخت و فاجعه آمیز دوران کودکی مثل سرطان ،اختلالات ژنیتیکی و شیمی ایمنی استفاده خواهد کرد.

برای مثال ،St judeقصد دارد از سیستم جدیدی برای مطالعه حرکت مولکولهای آنزیم استفاده کند و بوسیله آن به نحوه کار پروتئینها و تغییر جهشها پی ببرد.
Naeve می گوید،آنزیمهاغ سرعت واکنشهای بیو شیمی را در بدن کنترل می کنند و علت بسیاری از بیماری ها نقص در کار آنزیمها است .
پروژه دیگری که از این سیستم جدید بهره مند می شود ،مطالعه پروتئین P27نابود کننده تومور است.کامپیوتر های حرفه ای در این زمینه ،به ۲۰۰ساعت زمان نیاز دارند در حالی که این سیستم جدید همین کار را در ۲۰ساعت انجام می دهد .سومین پروژه مهم دیگر بربنامه نمایش داروی مجازی است که در آن محققان St judeدر حال ارزیابی ۶ میلیون مولکول برای یافتن مولکولهای مناسبی هستند که می توانند جلوی تقسیم سلول و همینطور انواع سرطان را در بین سایر بیماریها بگیرند.
Naeve می گوید این سیستم حد وسیعی از الگوریتمهای بیو انفورماتیک از جمله HMMer BLAT BLASTaMBERرا اجرا می کند.او می گوید این سیستم برای تحقیقات نوین نیز کار آیی دارد .وی می گوید ،این سیستم امکان مطالعاتی را فراهم می سازد که تا کنون میسر نبوده است .ما می توانیم دستاورد هایی را ایجاد کنیم که پیش از این وجود نداشته است .
کامپیوترهای یکپارچه

Navartis در جستجوی خود برای نیروی پردازش اضافی از یک شبکه داخلی استفاده کرد که چرخه های اضافی cpu را در کامپیوتر های دسک تاپ مهار می کند .سال گذشته در نرم افزار Grid MP Enterprise شرکتDevices Unitedاز یک برنامه آزمایشی و مقدماتی برای اتصال ۲۷۰۰ کامپیوتر به یکدیگر استفاده می شد.این شبکه کامپیوتر دارای یک نیروی پردازشی معادل پنجteraFLOPs f,n بود که بعد از یک هفته عملکرد ،وجود یک مانع ناشناخته در این چرخه سلولی را در کتابخانه فارما نشان داد .موفقیت این برنامه مقدماتی ،Novartisرا بر آن داشت تا ا زتکنولوژی شبکه ای ئر همه کامپیوتر های اداری سراسر جهان استفاده کند و ققبل از انجام این کار ،شرکت روی یک پروژه استاندارد سازی دسک تاپ به منظور ساده کردن بر نامه ها مدیریت و عملیات سیستم کار کند .به همین منظور شرکت ۶۵۰۰۰ کامپیوتر دسک تاپ خود را به کامپیوتر های مبتنی بر پنتیوم ۴ هیولت پاکارد که برنامه ویندوز xp را اجرا می کنند، ارتقا می دهد .استاندارد سازی یک عامل مهم در استفاده بهینه و موفق از شبکه است.
Manuel PERTSCH رئیس علم مدیریت و انفرماتیک در بخش تحقیقاتNovartis واقع در کمبریج ماساچوست می گوید،اگر این روش روی ۱۰دسک تاپ جواب دهد ،روی ۱۰۰ یا حتی ۱۰۰۰ دسک تاپ نیز کار خواهد کرد.

شبکه هم اکنون در حال اجرا یبرنامه های انفورماتیک مثل donKing,BLAST با ظرفیت پذیرش بالا و نمایش بر نامه های شبیه سازی است .Novartisهمچنین روی کاربرد شبکه برای استخراج متن و علم استخراج برنامه های کاربردی مطالعه کنید .
نیروی توزیع شده

-NSF TGRAGRIFاینتل ،آی بی ام ،اوراکل ،Quest,Myricon سان مایکرو سیستمز و هیولت موسسه علوم ملی اکنون روی یک سیستم کامپیوتری توزیعی به نام Extensible Terascale Facility سرمایه گذاری می کند که نام کوتاهتر آن TeraGrid می باشد .rob Pennington مدیر موقتی در موسسه علوم ملی مخصوص supercomputing applications (برنامه های کامپیوتری )می گویند ،teragrid مفهوم جدیدی است و تا کنون هیچ سیستم کامپیوتری توزیعی به اندازه و وسعت آن وجود نداشته است .
اعضای tera grid شامل چندین آزمایشگاه ملی و مراکز اصلی ابر کامپیوترهای در ایالت متحده است که با لینکهای ۳۰و۴۰ گیگا بایت در ثانیه به محور شبکه متصل شده اند .
شرکای اصلی تکنولوژی پروژه teragrid را اینتل ،آی بی ام ،اوراکل ،Myricon,qwest و سان میکرو سیستمز تشکیل می دهند.

پیش بینی می شود که teragridحدود بیست teraflops نیروی کامپیوتری داشته باشد و شامل مجموعه ای با بیش از ۸۰۰پردازنده ایتانیوم ۶۴ بیتی می باشد که بر نامه لینوکس و AlohaServer SC سه هزار پردازنده ای هیولت پاکارد را اجرا می کنند.وقتی این سیستم کامل شود و به راه افتد ،الگوریتمهای جمع کننده پروتئین نیز برای اجرا روی این مجموعه لینوکس ۶۴ بیتی آماده می شوند.
و یک پروژه teragrid بنام TeraG

yroidنیز در کنفرانس ابر کامپیوترهای sc2003 عنوان بهترین و جدیدترین برنامه حاوی داده فشرده و کامل را در HPC challenge بدست آورد .این پروژه از چند قابلیت و ویژگی در شش مرکز ابر کامپیوتر چهان جهت شبیه سازی ظاهر مواردی به نام Gyroid ها استفاده می کند که دارای برنامه های کنترل شده ای برای عرضه دارو و بیو سنسور ها هستند.

اتاقی کوچک همراه با اعضای کوچک
دو سال پیش موسسه Wellcome Trust Sanger در نزدیکی کمبریج انگلستان به سرعت به نقاط عطفی دست یافت که توسط سازمانهای تحقیقات بیو مدیکال تجربه شده بود .نیازهای کامپیوتری برای توضیح و تحلیل رشته ژنها با وجود یک رشته اطلاعات کامل یا ناقص درباره ژنوم (کروموزومها)انسان ،به سرعت در حال تغییر بود.
در همین زمان ،Bitcher Phil رئیس سیستم های Sanger گفت،هر چه تاکیدها به آگاهی از نحوه کار کروموزومها و اینکه چطور ژنها بیماری را می شناسند بیشتر میشود ،ما به عرصه کامپیوتری پیچیده تری وارد می شویم.

علاوه بر این چالش ،Sanger از محدودیتهای فضایی در مرکز داده خود و همچنین اعضای IT کوچکی برخوردار بود.
James Cuff رهبرب گروهinformatics Systems Groupدر Sangerمی گویند ،ما به دنبال یک محصول با چگالی بالا هستیم که مناسب مقدار فضای کوچک ما بوده و ظرفیت محاسبه بالایی داشته باشد و علاوه بر آن بدون استفاده از اعضای IT کمکی قابل کنترل باشد.
SANGER مجموعه سیستمهای ۱۶۸i800Irlx ServerBlack شرکت RLX Technologicalرا انتخاب کرد که روی شاسیهای ex300 I RLX32نصب شده اند و در مورد فضا نیز دو rack سیستم rlx می توانند کار در توالی قرار دادن را انجام دهند که در گذشته برای انجام این کار نه rack سرور نیاز بوده است .
مسئله تعیین اعضا نیز همچنان مطرح بود .با وجود برنامه های مدیریتی RLX(مثل نرم افزار Control Towerشرکت RLX)به حدود ۱٫۵ کارمند تمام وقت برای کنترل یک سیستم دارای ۱۰۰۰ گره نیاز بود.

خرید گیگا هرتز در هر ساعت
انجمن دیابت آمریکا با مشکلی مواجه شده که در اکثر سازمانهای علوم طبیعی رایج است .اینه کانون معمولا از پروژه های جدیدی استفاده می کند که به رشدسریعی نیاز دارد .در حالی که بعضی از پروژه ها به ظرفیت HPC بیشتری نیاز دارند و بعضی دیگر باید به اندازه قبلی و کوچک خود بر گردند .
یک راه حل با وجود هزینه بالای آن ،استفاده از ظرفیت بالای HPC است که مناسب این پروژه های جدید می باشد.Richard Kahn مقام مسئول ADA می گوید اجاره زمانی این ابر کامپیوتر صدها هزار دلار هزینه دارد .

ADAبه یک سرویس on_demand رو آورد که محصول مشترک United Devices,Gateway بود و منابع HPC موجود را ضمیمه می کرد .
بهای اولیه آن ۱۰۰۰دلار است و سپس ADA برای هر گیگا هرتز در ساعت بابت اجرای برنامه های کاربردی ،۳۰سنت در نظر می گیرد .بنا بر این بهای عمل شبیه سازی روی ۱۰۰۰ کامپیوتر یک گیگا هرتزی به مدت ۶ ساعت ۱۸۰۰دلار است .
این سرویس on_demand برای اجرای نرم افزار Archimedes نیز بکار می رود که ADA کمک می کند تا برنامه ها و معالجات بالینی را بررسی و تحلیل نموده و رهنمودهای مراقبت بالینی را توسعه دهد.نرم افزار Archimedes عواملی مثل تاثیر تغییرات کوچک در زندگی روی دیسک عوارض بیماری دیابت و با اینکه چطور با کاهش میزان قند خون میزان حمله قلبی نیزی کاهش می یابد را الگو قرار می دهد .

امکان دسترسی بالا همراه با ظرفیت پذیرش و کار آیی بالا
وقتی این مسئله در علوم طبیعی HPC مطرح می شود همه تمرکزروی اسب بخار جدید و مقدماتی قرار می گیرد ولی این فقط قسمتی از قضیه است.
در MWQ Biotech آلمان،محققان به دنبال سیستمهایی با ظرفیت پذیرش وقابلیت اطمینان بالا می گردند. این شرکت یک دستگاه بازرگانی را به اجرا در می آورد که OLIGO های اختصاصی را برای برنامه های کاربردی کوچک و تخصصی طراحی می کند و دستگاه دیگر یک سرویس تجارت الکترونیکی را ارائه می نماید که کار تحلیل ارنومها و سلسله مراتب ان را انجام می دهد. هر دو دستگاه به یک نیروی پردازش و زمان انجام کار سریع نیاز دارند.
MWQ به سیستم های تطابق ژن و Blast Machine محصول Paracelتکیه می کند. به منظور اطلاع از سرویس های بیو انفورماتیک آن که شامل توضیح کروموزمها و طرح مقدماتی می باشد .

این سیستمها پردازنده های با کار آیی بالا را با سخت افزار تهیه شده ای همراه می کند که اجرای برنامه های کاربردی مثل BLAST و Genewise را سرعت می بخشد.
MWG در بسیاری از موارد،برنامه های Smith_Waterman و BLASTرا اجرا می کند که این کار روی بسیاری از مجموعه ها چندین هفته طول می گکشد ولی مشتریانی که نمونه هایی را برای تحلیل عرضه می کنند به دنبال نتایجی در فاصله زمانی کوتاهتر هستند.
David Brett رهبر گروه بیو انفورماتیک MWG می گوید ،ما باید این برنامه ها را ظرف ۲تا ۳ ساعت اجرا کنیم نه طی چند هفته.
علاوه بر زمان انجام کار سریع ،Brett از مکان دسترسی به این سیستم نگران است .او می گوید ،این سیستم باید به طور ۲۴ساعته در دسترس باشد و ما سیستم ارزانی را نمی خواهیم که امکان Crash داشته باشد.مشتریان از آن رو بر گردان می شوند.